O leão Alex (Stiller), a zebra Marty (Rock), a girafa Melman (Schwimmer) e a hipopótamo Gloria (Jada) voltam a viver uma grande aventura fora do zoológico de Nova York. Quando eles retornam ao zoológico, o avião acaba caindo na África, onde Alex reencontra sua família e a trama tem início aí.Nesse filme, todos os personagens estarão de volta na tentativa de escaparem da ilha de Madagascar e voltarem ao Zoológico de Nova Iorque. O problema é que eles vão parar no meio da savana africana e se metem em mais enrascadas. Dentre milhares de confusões, Alex se aproxima de sua família, o que promete também emoções no filme e mais alguns personagens para animar o longa.
